一般来说，4S店换波箱的价格通常会高于汽修厂。这主要是因为4S店的运营成本较高，包括场地租金、设备维护及专业培训等多方面支出，而汽修厂的运营成本相对较低，且没有过多的中间环节。此外，不同车型和故障严重程度也会导致价格差异。

以常见家用经济型轿车为例，若遇到轻微故障，如日系车丰田、本田的小传感器问题，普通汽修厂的维修费用通常在500-1000元之间，而4S店的费用可能会高出几百元。若德系车大众出现稍微复杂的故障，普通汽修厂的维修费用可能在800-1500元之间，4S店在此基础上还会增加费用。

对于手动挡变速箱维修，普通汽修厂的费用范围通常在1000至3000元左右，而4S店更换变速箱的费用一般在1000元左右，但价格会因维修项目的复杂程度而波动。如果是便宜车型的变速箱维修，普通汽修厂的费用可能在5000元左右，而高端车型的重大故障在普通汽修厂可能高达10万元，4S店的价格普遍更高。

另外，不同故障类型的维修费用也有所不同。例如，离合器问题，保修期内4S店会免费更换，超出保修期的费用为2000-2500元，工时费为1000-1500元，而修理厂的费用为1000-2000元，工时费为800-1000元。再如变速箱液压控制单元故障，4S店更换费用为6000-8000元，人工费用为800-1000元，而修理厂的费用为6000元，人工费为800元左右。

综上所述，4S店和汽修厂换波箱的价格差异明显。在选择维修地点时，车主不能只关注价格，还要综合考虑维修质量、配件品质以及售后服务等多方面因素，这样才能做出更合适的决策，保障爱车得到妥善维修。