当电动三轮车控制器损坏时，需要根据具体原因采取不同的修理方法。

如果控制器因进水而损坏，可以先将控制器从车上小心取下，避免对其他线路造成损伤。接着，打开控制器外壳，用干净的布仔细擦干内部的水分。然后，使用电吹风以适宜的温度档吹干控制器内部，确保没有残留的水汽。完成这些步骤后，重新安装控制器，并用塑料包裹起来，以增强防水性能。

若控制器损坏是由于部件问题，比如转把失灵或调速信号联电等，就需要更换相应的部件。更换部件时，要确保新部件的型号与原部件完全匹配，以保证电动三轮车的正常运行。在更换过程中，要注意线路的连接是否正确、牢固，避免出现松动或接触不良的情况。

需要注意的是，电动三轮车控制器的构造和原理较为复杂，自行修理可能存在一定的风险。遇到复杂损坏情况，如控制器内部电路故障或无法准确判断损坏原因时，最好前往专业的维修点，由经验丰富的维修师傅进行检查和维修。这样既能保证维修质量，又能确保电动三轮车后续使用的安全性和可靠性。

总之，当电动三轮车控制器损坏时，要冷静分析原因，根据实际情况选择合适的修理方法。简单的进水问题可以尝试自行处理，而部件损坏或复杂故障则需谨慎对待，必要时交给专业人士解决，以保障电动三轮车能尽快恢复正常使用。