自动挡二手车相比手动挡二手车，后期维修成本通常更高。手动挡变速器结构简单，维修方便且费用低，变速箱相对耐用，不容易出现问题。而自动挡机械结构复杂，年限久的车更耗油，维修和保养成本相对较高。从整体上看，在后期维修成本方面，自动挡二手车会比手动挡高出不少，这也是在选择二手车时需要考虑的重要因素。

具体来说，手动挡的变速箱内部构造相对简洁，齿轮、同步器等主要部件清晰明了。一旦出现故障，维修师傅能够较为迅速地判断问题所在，维修所需的工时费也就相对较少。而且很多手动挡的零部件通用性强，价格也较为实惠，像常见的离合器片更换，费用可能仅需几百元。

反观自动挡，它有液力变矩器、行星齿轮机构、电子控制系统等多个复杂部件协同工作。任何一个部分出现故障，排查问题的难度加大，维修工时费自然会增加。比如，自动挡的阀体故障，维修费用可能要数千元甚至更高。再加上一些自动挡车型的零部件往往具有独特性，价格高昂，这无疑进一步推高了维修成本。

此外，随着车辆使用年限增长，自动挡由于其工作原理和复杂结构，更容易出现诸如换挡顿挫、打滑等问题，维修频率可能也会相对高一些。而手动挡只要驾驶者操作得当，正常使用多年都可能无需进行大规模维修。

综上所述，自动挡二手车和手动挡二手车在后期维修成本上存在显著差异。手动挡凭借结构简单、零部件价格亲民等优势，在维修成本上更具优势。消费者在选择二手车时，若考虑到后期维修成本这一关键因素，手动挡车型或许是更为经济实惠的选择。